Na rozdíl od jiných bank, které systém ABO provozovaly po rozdělení SBČS (systém ABO byl také „delimitován“ a počátkem 90. let 20. století provozován samostatně Komerční bankou, Všeobecnou úverovou bankou, Investiční bankou a Invetičnou a rozvojovou banku na Slovensku, po založení Národní banky Slovenska i touto novou centrální bankou) a které jej nahradily zcela novými, komerčně orientovanými systémy, provozuje ČNB systém ABO dodnes. I v tomto případě však došlo k mnoha rozsáhlým změnám, úpravám. Systém provozovaný dříve na strojích Robotron pracuje dnes na rychlých serverech, využívá databázové prostředí Oracle, pracuje plně v reálném čase. Všechny pobočky ČNB, kterých je dnes pouze 7 (pouze v Praze, Brně, Ostravě, Hradci Králové, Ústí nad Labem, Plzni a v Českých Budějovicích) jsou datově propojeny se systémy v ústředí v Praze, kde probíhá vlastní zpracování. I v tomto případě je samozřejmostí plné zálohování systému v reálném čase.

I nadále je ČNB bankou státu, kterému poskytuje bankovní služby, v rámci systému ABO vede státu účty napojené na státní rozpočet – v posledních letech se spíše hovoří o účtech státní pokladny. ČNB již několik let spolupracuje s Ministerstvem financí na rozsáhlém projektu Informačního systému státní pokladny, který bude se systémem ABO úzce propojen. Na jedné straně bude potvrzovat možnost zpracování plateb a na straně druhé bude využívat informačních a datových zdrojů ze systému ABO.