Po rozdělení Československa převzala ČNB do péče veškeré budovy bývalé Státní banky československé na území České republiky, včetně sídla ústředí v Praze 1 v ulici Na Příkopě. V roce 1993 bylo rozhodnuto o jeho rekonstrukci. V roce 1995 zakoupila Česká národní banka objekt bývalé Plodinové burzy na Senovážném náměstí, který byl propojen s budovou Na Příkopě 28. Vzhledem k řadě změn byla rekonstrukce fyzicky zahájena teprve až v roce 1997 a k rutinnímu provozu se budova vrátila v roce 2001.

Po rozdělení Státní banky československé k 1. lednu 1993 převzala Česká národní banka do své péče objekty bývalé státní banky na území České republiky včetně budovy ústředí v Praze 1, Na Příkopě 28. Jelikož budova byla postavena pro provoz komerční banky a požadovaným funkcím ústřední banky státu nevyhovovala, stála bankovní rada před rozhodnutím, zda-li stávající objekt prodat a postavit nový nebo jej rekonstruovat.

O rekonstrukci budovy se uvažovalo již od roku 1991, a to zejména s ohledem na její špatný stav, nevyhovující technické vybavení a vysokou energetickou náročnost. Po posouzení předložených variant bankovní rada v roce 1993 rozhodla stávající objekt rekonstruovat a současně postavit pro pobočku Praha novou budovu na okraji Prahy, v níž by byl situován nový peněžní provoz, archiv a další specializovaná pracoviště ČNB. V návaznosti na toto rozhodnutí byl zakoupen pozemek v Praze 8 - Bohnicích a zahájeny projektové práce. V roce 1994 byl dále zakoupen objekt bývalé Plodinové burzy na Senovážném náměstí 30 a bylo rozhodnuto propojit ho se stávající hlavní bankovní budovou. V průběhu projektových a přípravných prací v roce 1995 však došlo k přehodnocení původního rozhodnutí a bylo ustoupeno od výstavby nové budovy s tím, že bylo uloženo pobočku Praha začlenit včetně trezorového hospodářství a peněžního provozu do budovy ústředí v Praze 1. To vyvolalo nutnost zásadně přepracovat uživatelské zadání, což však nemělo dopad do již vydaného územního rozhodnutí. Následovalo vypracování dokumentace pro stavební povolení a zahájení stavby.

Rekonstrukce budov ústředí ČNB byla oficiálně zahájena 22. ledna 1997 podpisem smlouvy s koordinujícím hlavním dodavatelem a ukončena 2. dubna 2001 uvedením všech technologií do rutinního provozu. Do hlavní budovy byly postupně integrovány všechny odborné útvary ústředí ČNB a následně i Komise pro cenné papíry, dozor nad družstevními záložnami, pojišťovnami a fondy. V prostorách bývalé Plodinové burzy je dnes dislokováno Kongresové centrum ČNB, odborná knihovna, učebny a stravovací komplex.