Budova filiálky RUB/BUMF v Českých Budějovicích

V oblasti pobočných závodů nově zbudovaný Bankovní úřad navazoval na tradici Rakousko-uherské banky. Ta si postupně vybudovala rozsáhlou síť poboček, které obstarávaly jednak služby státní pokladny a jednak reeskontního místa a hypoteční banky. První z těchto poboček vznikla v Praze již v roce 1818 v podobě tzv. směnárny (Wechselkasse). Její funkce pak byly v roce 1847 doplněny tak, že se stala plnohodnotnou filiálkou. Rozšiřování průmyslového a obchodního podnikání v 2. polovině 19. století a v prvním decenniu 20. století nutně vedlo i ke zvýšení poptávky po úvěru. Proto se s růstem počtu peněžních ústavů rozšiřovala i síť pobočných závodů Rakousko-uherské banky, aby se tak zjednodušila distribuce úvěru v regionech. Výsledkem těchto aktivit byla existence celkem 25 filiálek (Filialen, Bankanstalten) na území českých zemí a 5 na území Slovenska a jedna na Podkarpatské Rusi. Aby bylo možno zlepšit dostupnost eskontního úvěru u centrální banky, byl na základě rozhodnutí generální rady Rakousko-uherské banky z 3. dubna 1879 doplněn systém filiálek o tzv. pobočky (Banknebenstelle). Výkonem jejich funkcí byly pověřeny místní peněžní ústavy, které ve své činnosti pobočky cedulové banky podléhaly určené filiálce.

Při svém vzniku převzal Bankovní úřad ministerstva financí de facto hlavní ústav v Praze a dalších třicet dosavadních filiálek Rakousko-uherské banky na území Československé republiky. Z pražského hlavního ústavu, jakožto nejvýznamnějšího z nich, bylo pak vytvořeno současně ústředí nové cedulové instituce a hlavní ústav. K jednotlivým filiálkám byli přiděleni vládní komisaři, kteří měli kontrolovat jejich činnost. Zároveň však až do provedení likvidace Rakousko-uherské banky byla částí úřednictva odděleně vedena agenda bývalé cedulové banky. K definitivnímu převzetí bankovních budov filiálek (de iure) došlo až v roce 1924. Obdobně jako v případě dřívější Rakousko-uherské banky disponoval Bankovní úřad sítí poboček, nyní zvaných podružné ústavy.