Budova pobočky SBČS/ČNB v Ostravě

Přestavba bankovního systému na dvoustupňový s jednou centrální bankou a řadou komerčních bankovních ústavů se pochopitelně odrazila i na pobočkové síti Státní banky československé. Nově se měla dosavadní teritoriální organizace banky rozdělit mezi čtyři instituce – Státní banku československou, Komerční banku, Všeobecnou úvěrovou banku a Investiční banku. Zatímco Státní banka si vytvořila svou síť na základě bývalých krajských správ hlavních ústavů (včetně městské správy Praha a pobočky Bratislava - město pověřené plněním některých agend městské správy Bratislava), tak komerční banky se musely podělit o její bývalé pobočky.

Státní banka československá vstoupila 1. ledna 1990 do nové etapy své existence s 12 pobočkami (8 v České socialistické republice a 4 ve Slovenské socialistické republice), což byla méně než polovina stavu pobočkové sítě v době existence Národní banky Československé. V roce 1991 došlo v každé z republik k další redukci, když byly zrušeny pobočky, jež obhospodařovaly kraj, v němž se nacházela hlavní města dané republiky (Praha – venkov a Bratislava – venkov).

Vzhledem k tomu, že bylo v roce 1990 nově nastoleno jen dvoustupňové řízení, podléhali ředitelé poboček bezprostředně předsedovi banky. Nicméně výkon koordinace jejich činnosti byl svěřen republikovým hlavním ústavům, jež nyní působily jako součásti ústředí. V roce 1992 v souvislosti s novým uspořádáním Státní banky československé byli ředitelé poboček podřízeni viceguvernérům pověřeným řízením republikových ústředí a stejně tak republiková ústředí metodicky řídila činnost teritoriálně příslušných poboček.

Po delimitaci byla pobočkám centrální banky, které sídlily v tehdejších sídlech krajů, přisouzena zcela nová role – měly zajišťovat vztahy Státní banky k územním orgánům státu a k pobočkám obchodních bank a případně ostatním peněžním ústavům kraje. V jejich rámci se pak tyto organizační jednotky zaměřovaly na analyticko-informační činnost, koordinaci platebního styku a zúčtování, organizaci hotovostního oběhu, provádění bankovního dohledu a jiných bankovních (např. směnárenských) služeb.