Budova filiálky NBČ v Žatci odstoupené po Mnichovské dohodě (1939)

Mnichovská dohoda a následná vídeňská arbitráž znamenaly pro Československu republiku ztrátu více než 41.000 km2 území a téměř 5 milionů obyvatel. Podobně jako u komerčních bankovních ústavů byla oběma diktáty významně poznamenána i pobočková síť Národní banky Československé. Za hranicemi na odstoupeném území zůstalo cedulové bance po Mnichovské dohodě nejprve 12 filiálek a po vídeňské arbitráži ještě další tři. Všechny byly okamžitě uzavřeny. Zároveň došlo i k redukci v rozloze řady bankovních obvodů. Proto byla zrušena ještě jedna filiálka, jež se stala téměř nedostupnou a ztratila své pole působnosti. Konečný počet zrušených filiálek v důsledku obou událostí tak narostl na 16 (stejně tak bylo zrušeno 34 poboček). Vzhledem k rozloze východního Slovenska a Podkarpatské Rusi, které bylo obtížné pokrýt stávající sítí pobočných závodů, se začalo uvažovat o zřízení filiálek v Prešově a Chustu. Realizaci však předešel politický vývoj. V době tzv. druhé republiky nakonec zůstalo jen 18 filiálek.

K druhé výrazné přestavbě pobočkové sítě došlo v důsledku autonomizačního úsilí Slováků a Rusínů. Již v době I. ČSR se objevovaly hlasy z řad čelných reprezentantů obou těchto národů na zrovnoprávnění v centrální bance. Jednalo se jim o zisk zastoupení nejen v bankovní radě, ale i v úřednickém sboru, a to jak na slovenských a podkarpatských filiálkách, tak i v ústředí. V říjnu 1938 se objevil nový požadavek zřídit hlavní ústav v Bratislavě. Tomu však na rozdíl od pražského měly podléhat všechny filiálky na Slovensku. Dle slovenských představ měl být v podstatě znovu vzkříšen hlavní ústav bývalé Rakousko-uherské banky. Bankovní rada nakonec souhlasila s tím, aby se bratislavská filiálka přejmenovala na hlavní ústav. Mělo se však jednat pouze o výraz prestiže, neboť její kompetence se dále nijak nelišily od ústavu pražského, popř. ostatních filiálek. Ředitel bratislavské filiálky ale také získal větší vliv na ústřední vedení banky, neboť se stal členem obchodní správy banky.