Budova filiálky NBČ v Hradci Králové

Vyhlášení Slovenského státu 14. března 1939 a následná okupace zbytku českých zemí nacistickým Německem se promítla i do pobočkové sítě cedulové banky. Na slovenském území zůstalo pět filiálek (Banská Bystrica, Bratislava, Nitra, Ružomberok a Žilina). Stav byl potvrzen vládním nařízením č. 96 z 31. března 1939, které omezilo vliv cedulové banky, nyní již působící pod názvem Národní banka pro Čechy a Moravu, pouze na území Protektorátu, a to se zpětnou platností k 13. březnu 1939. Od března 1939 až do května 1945 se pobočková síť Národní banky skládala pouze z hlavního ústavu v Praze, 13 filiálek a 86 poboček. Oproti situaci z roku 1938 došlo u filiálek (společně s hlavním ústavem) a poboček k redukci na pouhých 40%, resp. 63% původního stavu.

Mimořádně významná úloha připadla filiálkám Národní banky v odbojové činnosti zejména v době, kdy se očekávalo osvobození českých zemí od německé nadvlády. Obchodní správa na ně nechala převést značné obnosy v hotovosti, aby tímto způsobem jednak paralyzovala pokusy německé správy o jejich zneužití a jednak si zajistila po osvobození včasnou distribuci platidel na celém území republiky včetně oblastí odstoupených v roce 1938.