Budova pobočky ČNB v Hradci Králové

Vznik samostatných republik znamenal i rozdělení dosavadní pobočkové sítě Státní banky československé. Na území České republiky zůstalo sedm regionálních poboček a republikové ústředí pro Českou republiku. Zatímco všechny tehdejší pobočky (Praha, Hradec Králové, Plzeň, České Budějovice, Ústí nad Labem, Brno a Ostrava) Česká národní banka převzala, republikové ústředí bylo k datu rozdělení Státní banky československé zrušeno. Některé jeho agendy převzalo nové pražské ústředí a pobočky. Počet poboček odpovídal dřívější krajské organizaci České republiky. Později ani vytvoření nových krajů (vyšších územně samosprávních celků) v roce 2000, jichž bylo nově 14, neovlivnilo strukturu územní organizace ČNB.

Vzhledem k tomu, že centrální banka převzala některé činnosti, jako byla správa zásob peněz a vedení účtů státního rozpočtu, jež dosud z pověření vykonávaly komerční banky, bylo nutné významně posílit tehdejší pobočkovou síť a provést úpravy pobočkových budov. Rozšíření pobočkové sítě se realizovalo zřízením expositur (např. Tábor, Liberec, Olomouc), jež podléhaly jednotlivým pobočkám a nalézaly se v některých významných městech daných regionů. Tento model však byl uplatněn pouze do roku 1998, kdy již byly pobočky schopny plně obhospodařit celý region a expozitury tak mohly být k novému roku zrušeny. V průběhu 90. let proběhly výstavby a rekonstrukce budov poboček, jejichž prostory umožnily plnění povinností v regionech.

V současné době se zastoupení ČNB dělí do dvou typů podle rozsahu své činnosti. Prvním typem zastoupení jsou pobočky, jimž je svěřena plná správa zásob peněz (Praha, Hradec Králové, Brno a Ostrava). K druhému typu zastoupení náleží tzv. územní pracoviště s omezenou správou peněz (České Budějovice, Plzeň a Ústí nad Labem). Zastoupení ČNB v daném regionu vedou účty státního rozpočtu a ostatních klientů ČNB, provádějí devizový dohled a sběr regionálních údajů k devizovým otázkám. Zprostředkovávají také platební styk v regionu. Některé z nich jsou dále pověřeny výkonem speciálních agend.